Przedszkole nr 39 mieści się w Oliwie przy ul. Opackiej 12 A, położone jest w sąsiedztwie Parku Oliwskiego im. A. Mickiewicza.
W roku 1947 budynek mieszkalny przeznaczono i zaadoptowano na placówkę dydaktyczno-wychowawczo-opiekuńczą. Utworzono dwa oddziały, które liczyły po trzydzieścioro dzieci.
Od roku 1955 Przedszkole zaczęło funkcjonować jako placówka edukacyjna dla dzieci, których rodzice pracowali w Gdańskiej Fabryce Mebli. Przy pomocy Dyrekcji Zakładu w budynku przeprowadzono liczne prace remontowe. Powstał również trzeci oddział przedszkolny.
W latach 60-dzisiątych Dyrektor Irena Kołakowska – Zielińska przy pomocy rodziców zagospodarowała teren okalający budynek przedszkolny. Ogrodzony został teren Przedszkola, wydzielono place zabaw dla poszczególnych grup wiekowych dzieci. Rodzice w czynie społecznym wykonali ławeczki, domki oraz inne urządzenia do zabaw w ogródku.
W latach 70-siątych w placówce utworzono czwartą grupę dla wychowanków.
W 1978 roku funkcję Dyrektora Przedszkola objęła Teresa Napora. Za Jej kadencji w Przedszkolu zaczął funkcjonować gabinet lekarski. Sale wyposażono w nowe meblościanki, radia, zakupiono wiele pomocy dydaktycznych. Jedną z sal urządzono w stylu kaszubskim. Dyrekcja G.F.M. przekazała dzieciom stroje regionalne: kaszubskie oraz krakowskie, które wykorzystywano przez wiele lat.
Po zlikwidowaniu Gdańskiej Fabryki Mebli przedszkole zaczęło funkcjonować jako Publiczna Placówka Oświatowa, do której uczęszczają dzieci z Oliwy, Osowej i innych dzielnic Gdańska.
W latach 1989 – 1994 funkcję Dyrektora Placówka pełniła Dorota Głombiowska. Od roku 1994 do 2014 Przedszkolem kierowała Dyrektor Krystyna Mionskowska.
W roku 2014 budynek odnowiono. Wykonano nową elewację zewnętrzną oraz wymieniono okna.
Od września 2014 roku funkcję Dyrektora Przedszkola nr 39 sprawuje Bożena Cymerys.
